Nawet ta superżywność ma przeciwwskazania. W niektórych przypadkach czosnek może być niebezpieczny. Nie zaleca się spożywania dużej ilości czosnku podczas ciąży i karmienia piersią. Dzieci poniżej 7 roku życia powinny spożywać go oszczędnie.
Nie należy spożywać czosnku na dwa tygodnie przed planowaną operacją: rozrzedza on krew i może powodować krwawienie. W przypadku kontaktu ze skórą, czosnek i produkty na jego bazie mogą powodować efekt podobny do oparzenia. Przed użyciem należy skonsultować się z lekarzem.
Jest trujący dla zwierząt. Szczególnie dla kotów i psów ras japońskich (Akita Inu, Shiba Inu). Lekarze twierdzą, że zdrowa osoba może bezpiecznie spożywać do 4 ząbków czosnku dziennie i czuć się dobrze.